Hierarchy For All Packages

Package Hierarchies:

• de.isas.lipidomics.mztab2.validation,
• de.isas.lipidomics.mztab2.validation.constraints,
• de.isas.lipidomics.mztab2.validation.validators,
• de.isas.mztab2.cli,
• de.isas.mztab2.cvmapping,
• de.isas.mztab2.io,
• de.isas.mztab2.io.formats,
• de.isas.mztab2.io.serialization,
• de.isas.mztab2.io.validators,
• de.isas.mztab2.model,
• de.isas.mztab2.test.utils,
• de.isas.mztab2.validation,
• de.isas.mztab2.validation.handlers,
• info.psidev.cvmapping,
• uk.ac.ebi.pride.jmztab2,
• uk.ac.ebi.pride.jmztab2.model,
• uk.ac.ebi.pride.jmztab2.utils,
• uk.ac.ebi.pride.jmztab2.utils.errors,
• uk.ac.ebi.pride.jmztab2.utils.parser

Class Hierarchy

• java.lang.Object
  • java.util.AbstractCollection<E> (implements java.util.Collection<E>)
    • java.util.AbstractList<E> (implements java.util.List<E>)
      • java.util.ArrayList<E> (implements java.lang.Cloneable, java.util.List<E>, java.util.RandomAccess, java.io.Serializable)
        • uk.ac.ebi.pride.jmztab2.model.SplitList<E>
        • de.isas.mztab2.model.StringList
  • de.isas.mztab2.validation.handlers.AndValidationHandler (implements de.isas.mztab2.validation.CvTermValidationHandler)
  • de.isas.mztab2.model.Assay
  • de.isas.mztab2.io.formats.AssayFormat
  • de.isas.mztab2.io.validators.AssayValidator (implements de.isas.mztab2.io.validators.RefiningValidator<T>)
  • de.isas.mztab2.model.ColumnParameterMapping
  • de.isas.mztab2.model.Comment
  • de.isas.mztab2.model.Contact
  • de.isas.mztab2.io.formats.ContactFormat
  • de.isas.mztab2.model.CV
  • de.isas.mztab2.validation.CvDefinitionValidationHandler (implements de.isas.lipidomics.mztab2.validation.Validator<T>)
  • de.isas.mztab2.io.formats.CvFormat
  • info.psidev.cvmapping.CvMapping
  • info.psidev.cvmapping.CvMapping.CvMappingRuleList
  • info.psidev.cvmapping.CvMapping.CvReferenceList
  • info.psidev.cvmapping.CvMappingRule
  • de.isas.mztab2.cvmapping.CvMappingUtils
  • de.isas.mztab2.validation.CvMappingValidator (implements de.isas.lipidomics.mztab2.validation.Validator<T>)
  • de.isas.mztab2.cvmapping.CvParameterLookupService
  • info.psidev.cvmapping.CvReference
  • info.psidev.cvmapping.CvTerm
  • de.isas.mztab2.io.validators.CvValidator (implements de.isas.mztab2.io.validators.RefiningValidator<T>)
  • de.isas.mztab2.model.Database
  • de.isas.mztab2.io.formats.DatabaseFormat
  • de.isas.mztab2.io.validators.DatabaseValidator (implements de.isas.mztab2.io.validators.RefiningValidator<T>)
  • de.isas.mztab2.validation.handlers.EmptyRuleHandler
  • de.isas.mztab2.model.Error
  • org.junit.rules.ExternalResource (implements org.junit.rules.TestRule)
    • de.isas.mztab2.test.utils.ExtractClassPathFiles
  • de.isas.mztab2.validation.handlers.ExtraParametersValidationHandler (implements de.isas.mztab2.validation.CvTermValidationHandler)
  • de.isas.mztab2.model.IndexedElementImpl (implements de.isas.mztab2.model.IndexedElement)
  • de.isas.mztab2.model.Instrument
  • de.isas.mztab2.io.formats.InstrumentFormat
  • com.fasterxml.jackson.databind.JsonSerializer<T> (implements com.fasterxml.jackson.databind.jsonFormatVisitors.JsonFormatVisitable)
    • com.fasterxml.jackson.databind.ser.std.StdSerializer<T> (implements com.fasterxml.jackson.databind.jsonFormatVisitors.JsonFormatVisitable, com.fasterxml.jackson.databind.jsonschema.SchemaAware, java.io.Serializable)
      • de.isas.mztab2.io.serialization.AssaySerializer
      • de.isas.mztab2.io.serialization.ContactSerializer
      • de.isas.mztab2.io.serialization.CvSerializer
      • de.isas.mztab2.io.serialization.DatabaseSerializer
      • de.isas.mztab2.io.serialization.InstrumentSerializer
      • de.isas.mztab2.io.serialization.MetadataSerializer
      • de.isas.mztab2.io.serialization.MsRunSerializer
      • de.isas.mztab2.io.serialization.PublicationSerializer
      • de.isas.mztab2.io.serialization.SampleProcessingSerializer
      • de.isas.mztab2.io.serialization.SampleSerializer
      • de.isas.mztab2.io.serialization.SmallMoleculeEvidenceSerializer
      • de.isas.mztab2.io.serialization.SmallMoleculeFeatureSerializer
      • de.isas.mztab2.io.serialization.SmallMoleculeSummarySerializer
      • de.isas.mztab2.io.serialization.SoftwareSerializer
      • de.isas.mztab2.io.serialization.StudyVariableSerializer
      • de.isas.mztab2.io.serialization.UriSerializer
  • de.isas.mztab2.cvmapping.JxPathElement
  • de.isas.mztab2.model.Metadata
  • de.isas.mztab2.io.formats.MetadataFormat
  • de.isas.mztab2.model.MsRun
  • de.isas.mztab2.io.formats.MsRunFormat
  • de.isas.mztab2.io.validators.MsRunValidator (implements de.isas.mztab2.io.validators.RefiningValidator<T>)
  • de.isas.mztab2.model.MzTab
  • de.isas.mztab2.model.MzTabAccess
  • de.isas.mztab2.validation.MzTabBeanValidator (implements de.isas.lipidomics.mztab2.validation.Validator<T>)
  • uk.ac.ebi.pride.jmztab2.model.MZTabColumn (implements uk.ac.ebi.pride.jmztab2.model.IMZTabColumn)
    • uk.ac.ebi.pride.jmztab2.model.AbundanceColumn
    • uk.ac.ebi.pride.jmztab2.model.OptionColumn
      • uk.ac.ebi.pride.jmztab2.model.ParameterOptionColumn
  • uk.ac.ebi.pride.jmztab2.model.MZTabColumnFactory
  • de.isas.mztab2.cli.MZTabCommandLine
  • uk.ac.ebi.pride.jmztab2.model.MZTabConstants
  • uk.ac.ebi.pride.jmztab2.utils.errors.MZTabError (implements java.io.Serializable)
  • uk.ac.ebi.pride.jmztab2.utils.errors.MZTabErrorList
  • uk.ac.ebi.pride.jmztab2.utils.errors.MZTabErrorType (implements java.io.Serializable)
    • uk.ac.ebi.pride.jmztab2.utils.errors.CrossCheckErrorType
    • uk.ac.ebi.pride.jmztab2.utils.errors.FormatErrorType
    • uk.ac.ebi.pride.jmztab2.utils.errors.LogicalErrorType
  • uk.ac.ebi.pride.jmztab2.utils.errors.MZTabErrorTypeMap
  • de.isas.mztab2.io.MzTabFileParser
  • de.isas.mztab2.io.validators.MzTabIdValidator (implements de.isas.mztab2.io.validators.RefiningValidator<T>)
  • uk.ac.ebi.pride.jmztab2.utils.parser.MZTabLineParser
    • uk.ac.ebi.pride.jmztab2.utils.parser.COMLineParser
    • uk.ac.ebi.pride.jmztab2.utils.parser.MTDLineParser
    • uk.ac.ebi.pride.jmztab2.utils.parser.MZTabDataLineParser<T>
      • uk.ac.ebi.pride.jmztab2.utils.parser.SMELineParser
      • uk.ac.ebi.pride.jmztab2.utils.parser.SMFLineParser
      • uk.ac.ebi.pride.jmztab2.utils.parser.SMLLineParser
    • uk.ac.ebi.pride.jmztab2.utils.parser.MZTabHeaderLineParser
      • uk.ac.ebi.pride.jmztab2.utils.parser.SEHLineParser
      • uk.ac.ebi.pride.jmztab2.utils.parser.SFHLineParser
      • uk.ac.ebi.pride.jmztab2.utils.parser.SMHLineParser
  • de.isas.mztab2.io.MzTabNonValidatingWriter (implements de.isas.mztab2.io.MzTabWriter<T>)
  • uk.ac.ebi.pride.jmztab2.utils.parser.MZTabParserContext
  • uk.ac.ebi.pride.jmztab2.utils.MZTabProperties
  • uk.ac.ebi.pride.jmztab2.model.MZTabStringUtils
  • uk.ac.ebi.pride.jmztab2.model.MZTabUtils
  • de.isas.mztab2.io.MzTabValidatingWriter (implements de.isas.mztab2.io.MzTabWriter<T>)
  • de.isas.mztab2.io.MzTabValidatingWriter.WriteAndParseValidator (implements de.isas.lipidomics.mztab2.validation.Validator<T>)
  • de.isas.lipidomics.mztab2.validation.MzTabValidator (implements de.isas.lipidomics.mztab2.validation.Validator<T>)
  • de.isas.mztab2.io.validators.MzTabVersionValidator (implements de.isas.mztab2.io.validators.RefiningValidator<T>)
  • de.isas.mztab2.io.MzTabWriterDefaults
  • info.psidev.cvmapping.ObjectFactory
  • de.isas.mztab2.model.OptColumnMapping
  • uk.ac.ebi.pride.jmztab2.model.OptColumnMappingBuilder (implements uk.ac.ebi.pride.jmztab2.model.IOptColumnMappingBuilder)
  • uk.ac.ebi.pride.jmztab2.model.OptColumnMappingBuilder.GlobalOptColumnMappingBuilder
  • uk.ac.ebi.pride.jmztab2.model.OptColumnMappingBuilder.IndexedElementOptColumnMappingBuilder
  • de.isas.mztab2.validation.handlers.OrValidationHandler (implements de.isas.mztab2.validation.CvTermValidationHandler)
  • de.isas.mztab2.model.Parameter
  • de.isas.mztab2.io.formats.ParameterFormat
  • uk.ac.ebi.pride.jmztab2.utils.parser.PositionMapping
  • de.isas.mztab2.model.Publication
  • de.isas.mztab2.io.formats.PublicationFormat
  • de.isas.mztab2.model.PublicationItem
  • de.isas.mztab2.io.validators.QuantificationMethodValidator (implements de.isas.mztab2.io.validators.RefiningValidator<T>)
  • de.isas.mztab2.cvmapping.RemoveUserParams (implements de.isas.mztab2.validation.CvTermSelectionHandler)
  • de.isas.mztab2.validation.handlers.ResolvingCvRuleHandler (implements de.isas.mztab2.validation.CvRuleHandler)
  • de.isas.mztab2.cvmapping.RuleEvaluationResult
  • de.isas.mztab2.model.Sample
  • de.isas.mztab2.io.formats.SampleFormat
  • de.isas.mztab2.model.SampleProcessing
  • de.isas.mztab2.io.formats.SampleProcessingFormat
  • de.isas.mztab2.io.serialization.Serializers
  • de.isas.mztab2.cvmapping.SetOperations
  • de.isas.mztab2.validation.handlers.SharedParametersValidationHandler (implements de.isas.mztab2.validation.CvTermValidationHandler)
  • uk.ac.ebi.pride.jmztab2.model.SmallMoleculeColumn (implements uk.ac.ebi.pride.jmztab2.model.ISmallMoleculeColumn)
  • de.isas.mztab2.model.SmallMoleculeEvidence
  • uk.ac.ebi.pride.jmztab2.model.SmallMoleculeEvidenceColumn (implements uk.ac.ebi.pride.jmztab2.model.ISmallMoleculeEvidenceColumn)
  • de.isas.mztab2.io.formats.SmallMoleculeEvidenceFormat
  • de.isas.mztab2.model.SmallMoleculeFeature
  • uk.ac.ebi.pride.jmztab2.model.SmallMoleculeFeatureColumn (implements uk.ac.ebi.pride.jmztab2.model.ISmallMoleculeFeatureColumn)
  • de.isas.mztab2.io.formats.SmallMoleculeFeatureFormat
  • de.isas.mztab2.io.validators.SmallMoleculeFeatureQuantificationUnitValidator (implements de.isas.mztab2.io.validators.RefiningValidator<T>)
  • de.isas.mztab2.io.validators.SmallMoleculeIdConfidenceMeasureValidator (implements de.isas.mztab2.io.validators.RefiningValidator<T>)
  • de.isas.mztab2.io.validators.SmallMoleculeQuantificationUnitValidator (implements de.isas.mztab2.io.validators.RefiningValidator<T>)
  • de.isas.mztab2.model.SmallMoleculeSummary
  • de.isas.mztab2.io.formats.SmallMoleculeSummaryFormat
  • de.isas.mztab2.model.Software
  • de.isas.mztab2.io.formats.SoftwareFormat
  • de.isas.mztab2.io.validators.SoftwareValidator (implements de.isas.mztab2.io.validators.RefiningValidator<T>)
  • de.isas.mztab2.model.SpectraRef
  • de.isas.mztab2.io.validators.SpectraRefValidator (implements de.isas.mztab2.io.validators.FieldValidator<T>)
  • com.fasterxml.jackson.databind.util.StdConverter<IN,OUT> (implements com.fasterxml.jackson.databind.util.Converter<IN,OUT>)
    • de.isas.mztab2.io.serialization.ParameterConverter
    • de.isas.mztab2.io.serialization.UriConverter
  • de.isas.mztab2.model.StudyVariable
  • de.isas.mztab2.io.formats.StudyVariableFormat
  • de.isas.mztab2.io.validators.StudyVariableValidator (implements de.isas.mztab2.io.validators.RefiningValidator<T>)
  • org.junit.rules.TestWatcher (implements org.junit.rules.TestRule)
    • de.isas.mztab2.test.utils.LogMethodName
  • java.lang.Throwable (implements java.io.Serializable)
    • java.lang.Exception
      • uk.ac.ebi.pride.jmztab2.utils.errors.MZTabException
      • java.lang.RuntimeException
        • de.isas.mztab2.io.serialization.ElementNameMappingException
        • uk.ac.ebi.pride.jmztab2.utils.errors.MZTabConversionException
        • uk.ac.ebi.pride.jmztab2.utils.errors.MZTabErrorOverflowException
        • de.isas.mztab2.test.utils.ZipResourceExtractionException
  • de.isas.mztab2.model.Uri
  • de.isas.mztab2.io.formats.UriFormat
  • de.isas.mztab2.model.ValidationMessage
  • de.isas.mztab2.validation.handlers.XorValidationHandler (implements de.isas.mztab2.validation.CvTermValidationHandler)
  • de.isas.mztab2.test.utils.ZipResourceExtractor

Interface Hierarchy

• javax.validation.ConstraintValidator<A,T>
  • de.isas.lipidomics.mztab2.validation.validators.ParameterValidator
• de.isas.mztab2.validation.CvRuleHandler
• de.isas.mztab2.validation.CvTermSelectionHandler
• de.isas.mztab2.validation.CvTermValidationHandler
• de.isas.mztab2.io.validators.FieldValidator<T>
• uk.ac.ebi.pride.jmztab2.model.IMZTabColumn
  • uk.ac.ebi.pride.jmztab2.model.ISmallMoleculeColumn
    • uk.ac.ebi.pride.jmztab2.model.ISmallMoleculeEvidenceColumn
    • uk.ac.ebi.pride.jmztab2.model.ISmallMoleculeFeatureColumn
• de.isas.mztab2.model.IndexedElement
• uk.ac.ebi.pride.jmztab2.model.IOptColumnMappingBuilder
• de.isas.mztab2.io.MzTabWriter<T>
• de.isas.mztab2.io.validators.RefiningValidator<T>
• de.isas.lipidomics.mztab2.validation.Validator<T>

Annotation Type Hierarchy

• de.isas.lipidomics.mztab2.validation.constraints.CheckParameter (implements java.lang.annotation.Annotation)

Enum Hierarchy

• java.lang.Object
  • java.lang.Enum<E> (implements java.lang.Comparable<T>, java.io.Serializable)
    • uk.ac.ebi.pride.jmztab2.model.AbundanceColumn.Field
    • de.isas.mztab2.model.Assay.Properties
    • de.isas.mztab2.test.utils.ClassPathFile
    • de.isas.mztab2.model.ColumnParameterMapping.Properties
    • de.isas.mztab2.model.Comment.PrefixEnum
    • de.isas.mztab2.model.Comment.Properties
    • de.isas.mztab2.model.Contact.Properties
    • de.isas.mztab2.model.CV.Properties
    • info.psidev.cvmapping.CvMappingRule.CvTermsCombinationLogic
    • info.psidev.cvmapping.CvMappingRule.RequirementLevel
    • de.isas.mztab2.model.Database.Properties
    • de.isas.mztab2.model.Error.Properties
    • de.isas.mztab2.model.Instrument.Properties
    • de.isas.mztab2.model.Metadata.PrefixEnum
    • de.isas.mztab2.model.Metadata.Properties
    • uk.ac.ebi.pride.jmztab2.model.MetadataElement
    • uk.ac.ebi.pride.jmztab2.model.MetadataProperty
    • de.isas.mztab2.model.MsRun.Properties
    • uk.ac.ebi.pride.jmztab2.model.MZBoolean
    • de.isas.mztab2.model.MzTab.Properties
    • uk.ac.ebi.pride.jmztab2.utils.errors.MZTabErrorType.Category
    • uk.ac.ebi.pride.jmztab2.utils.errors.MZTabErrorType.Level
    • de.isas.mztab2.model.OptColumnMapping.Properties
    • de.isas.mztab2.model.Parameter.Properties
    • de.isas.mztab2.cvmapping.ParameterComparisonResult
    • de.isas.mztab2.model.Publication.Properties
    • de.isas.mztab2.model.PublicationItem.Properties
    • de.isas.mztab2.model.PublicationItem.TypeEnum
    • de.isas.mztab2.model.Sample.Properties
    • de.isas.mztab2.model.SampleProcessing.Properties
    • uk.ac.ebi.pride.jmztab2.model.Section
    • uk.ac.ebi.pride.jmztab2.model.SmallMoleculeColumn.Stable
    • de.isas.mztab2.model.SmallMoleculeEvidence.HeaderPrefixEnum
    • de.isas.mztab2.model.SmallMoleculeEvidence.PrefixEnum
    • de.isas.mztab2.model.SmallMoleculeEvidence.Properties
    • uk.ac.ebi.pride.jmztab2.model.SmallMoleculeEvidenceColumn.Stable
    • de.isas.mztab2.model.SmallMoleculeFeature.HeaderPrefixEnum
    • de.isas.mztab2.model.SmallMoleculeFeature.PrefixEnum
    • de.isas.mztab2.model.SmallMoleculeFeature.Properties
    • uk.ac.ebi.pride.jmztab2.model.SmallMoleculeFeatureColumn.Stable
    • de.isas.mztab2.model.SmallMoleculeSummary.HeaderPrefixEnum
    • de.isas.mztab2.model.SmallMoleculeSummary.PrefixEnum
    • de.isas.mztab2.model.SmallMoleculeSummary.Properties
    • de.isas.mztab2.model.Software.Properties
    • de.isas.mztab2.model.SpectraRef.Properties
    • de.isas.mztab2.model.StudyVariable.Properties
    • de.isas.mztab2.model.Uri.Properties
    • de.isas.mztab2.model.ValidationMessage.CategoryEnum
    • de.isas.mztab2.model.ValidationMessage.MessageTypeEnum
    • de.isas.mztab2.model.ValidationMessage.Properties